Mirando algunas cosas por ubuntu-es me encontré por casualidad con un tema abierto que trataba acerca de Cómo dar formato a Pendrives y me pareció buena idea publicarlo aquí.
Se trata de una herramienta llamada GNOME Format y la podemos instalar desde Synaptic o desde la mirma terminal con:
sudo aptitude install gnome-format
Saludos.